Η Συλλογή των Κειμηλίων της Μονής Χοζοβιωτίσσης περιλαμβάνει εξαιρετικά δείγματα της Βυζαντινής και Μεταβυζαντινής εκκλησιαστικής τέχνης.

Περίφημη είναι η συλλογή χειρογράφων του μοναστηριού, που αριθμεί 98 κώδικες, οι οποίοι χρονολογούνται από τον10ο έως τον 18ο αιώνα και μαρτυρούν το αναβαθμισμένο πνευματικό επίπεδο των μοναχών. Πρόκειται για αξιολογότατα, από άποψη περιεχομένου, γραφής και διακόσμησης έργα: χειρόγραφα, γραμμένα σε περγαμηνή και χαρτί, Σιγίλλια και Ευαγγέλια, καθώς και κώδικες σε περγαμηνή που χρονολογούνται από τον 10ο έως τον πρώιμο 15ο αιώνα, ενώ οι χάρτινοι ανάγονται στους Βυζαντινούς και Μεταβυζαντινούς χρόνους (13ος-18ος αι.).

Στα Πατριαρχικά Σιγίλλια που αναγνωρίζουν και ανανεώνουν τα προνόμια της Μονής, συμπεριλαμβάνεται και το πολυσήμαντο Σιγίλλιο του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Ιερεμίου Β’ του Τρανού, χρονολογούμενο το 1583, ένα από τα υλικά τεκμήρια που έχουν διασωθεί και ορίζουν ρητά ως κτήτορα της Μονής τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιο Α’ Κομνηνό, ο οποίος με αυτοκρατορική χρυσόβουλο γραφή του έτους 1088, που δυστυχώς δεν σώζεται, όριζε την αδελφοποίηση με την Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στην Πάτμο και εκχωρούσε σταυροπηγιακά δικαιώματα στην «σεβάσμιαν και βασιλικήν και πατριαρχικήν Μονήν [Χοζοβιώτισσα]».

Αρκετοί κώδικες της Μεταβυζαντινής περιόδου φέρουν καλύμματα αργυρά και επίχρυσα με περίτεχνη διακόσμηση. Ανάμεσα τους συγκαταλέγονται 23 περγαμηνοί κώδικες χρονολογούμενοι από τον 10ο έως τον 15ο αιώνα και 72 χάρτινοι κώδικες που χρονολογούνται από τον 13ο έως τον 19ο αιώνα. Αξιομνημόνευτα, το Ευαγγελιστάριο του β’ μισού του 11ου αι. με έξι λαμπρές μικρογραφίες σε χρυσό κάμπο, έργο εξαιρετικής λεπτότητας εκτέλεσης και πολυτελούς κατασκευής, ο χειρόγραφος Κώδικας Βιβλίων Ελασσόνων Προφητών Παλαιάς Διαθήκης (α΄ ήμισυ 10ου αι.) και ο χειρόγραφος Κώδικας των Λόγων του Ιωάννη της Κλίμακος, χρονολογούμενος το 1253.

Στην έκθεση κειμηλίων συμπεριλαμβάνονται επίσης, σημαντικά δείγματα κεντητικής τέχνης, όπως λειτουργικά και ιερατικά άμφια, άλλα ιερατικά υφάσματα, χρυσοΰφαντα, μερικά στολισμένα με μαργαριτάρια, πούλιες και πολύτιμους λίθους, άλλα κεντημένα με χρυσοκλωστή και αργυρόνημα, τα περισσότερα έργα του 18ου και 19ου αι.. Εκτίθενται, επίσης, εξαρτήματα της βαρύτιμης αμφίεσης των αρχιερέων: περίτεχνα δουλεμένες πόρπες για την στήριξη της ιερατικής ζώνης, εγκόλπια, σταυροί και άλλα, όλα έργα διαφορετικών εργαστηρίων αργυροχοϊκής τέχνης του 18ου και 19ου αιώνα.

Επιπλέον, ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να θαυμάσει πολύτιμα εκκλησιαστικά σκεύη, για τις ανάγκες της λατρείας, όπως σταυρούς αγιασμού-ευλογίας και λιτανείας, άγια ποτήρια (δισκοπότηρα), μυροδοχεία, δίσκους για το πρόσφορο και το αντίδωρο, κάδους αγιασμού, κοχλιάρια, δικηροτρίκηρα, καντήλια, θυμιατά, καθώς και πλήθος άλλων χρηστικών αντικειμένων και αφιερωμάτων, όπως λειψανοθήκες και φυλαχτά, ορισμένα από τα οποία ενεπίγραφα, όλα δείγματα εξαίσιας τέχνης.

Την έκθεση συμπληρώνουν τα θυρόφυλλα του Καθολικού της Μονής με αφιερωματική επιγραφή του Καθηγουμένου Γεδεών και του Ιερομονάχου Ανατολίου Βλάχου, αφιερωτική επιγραφή ανακαίνισης της Μονής και, τέλος, φορητές εικόνες, εξαιρετικά δείγματα της τέχνης της αγιογραφίας της Ορθόδοξης Χριστιανικής Πίστης.

Άξιος αναφοράς και ο Επιτάφιος της Μονής, μικρών διαστάσεων, έργο του Αγάπιου Πρόκου ή Δευτερεύοντα Σίφνου, που χρονολογείται το 1820.

Σημαντική συμβολή στην έρευνα και διάσωση των θησαυρών της Χοζοβιώτισσας είχαν ο Εμμανουήλ Ιωαννίδης και ο Αντώνιος Μηλιαράκης στα τέλη του 19ου αι., στη συνέχεια ο Καθηγητής Λίνος Πολίτης ο οποίος κατά τα έτη 1968-1969 συνέταξε λεπτομερή περιγραφικό κατάλογο και, τέλος, ο Αγαμέμνων Τσελίκας από το Ιστορικό και Παλαιογραφικό Αρχείο του Μορφωτικού Ιδρύματος της Εθνικής Τραπέζης, το 1989, έτος κατά το οποίο όλα τα χειρόγραφα της Μονής μικροφωτογραφήθηκαν. Συστηματική καταγραφή του συνόλου των κειμηλίων του μοναστηριού πραγματοποίησε, το έτος 1977, και η Αμοργιανή Καθηγήτρια του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων Λίλα Μαραγκού, με την προσωπική φροντίδα και την επιστημονική επιμέλεια της οποίας συστήθηκε και η πρώτη επισκέψιμη έκθεση στο Σκευοφυλάκιο της Μονής. Τότε, σε προθήκες που δωρήθηκαν από το Μουσείο Μπενάκη, παρουσιάσθηκαν για πρώτη φορά τα σημαντικότερα και καλύτερα διατηρημένα κειμήλια.