Κατά την Πρώιμη Βυζαντινή περίοδο (7ος-9ος αι.), η αναταραχή στο Βυζάντιο σε συνδυασμό με την αυξημένη πειρατεία στις θάλασσες, αναγκάζουν τον πληθυσμό των νησιών σε μετεγκατάσταση σε ασφαλείς και οχυρωμένες θέσεις. Σε αυτό το πλαίσιο, οι Αμοργιανοί επιλέγουν κομβική, ασφαλή θέση, στο μέσον, περίπου του νησιού, στις υπώρειες ενός εξαιρετικά απότομου βράχου, ύψους 65μ., για να κατοικήσουν, ιδρύοντας, πιθανότατα εκείνη τη χρονική περίοδο, τον οικιστικό πυρήνα της Χώρας στα Βορεινά. Επιπλέον, ενισχύουν το φυσικό οχυρό, όπως προκύπτει από περιορισμένα λείψανα τεχνητής οχύρωσης, της ίδιας περιόδου, που σώζονται σε ορισμένα σημεία κάτω από τον μεταγενέστερο Ενετικό οχυρωματικό τοίχο με τις πολεμίστρες. Στο εξής, ο βράχος θα επηρεάσει διαχρονικά την ανάπτυξη και πολεοδομική εξέλιξη του οικισμού, προσφέροντας αδιαλείπτως προστασία.

Στη Μέση Βυζαντινή περίοδο (τέλη 9ου αι.-1204) η ανέγερση της Μονής Χοζοβιώτισσας από τον Αυτοκράτορα Αλέξιο Α’ Κομνηνό το 1088, θα επηρεάσει θετικά τις δραστηριότητες στο νησί, αναζωογονώντας τον πληθυσμό. Ο οικιστικός πυρήνας της Χώρας θα απλωθεί πλέον και στις ανατολικές υπώρειες του Κάστρου.

Το 1207 η Αμοργός καταλαμβάνεται αναίμακτα από τους αδελφούς Ghisi, κάτω από τη σημαία του Βενετού Marco Sanudo, ιδρυτή του Δουκάτου της Νάξου. Η Χώρα θα αποτελέσει εξαρχής την έδρα των νέων ηγεμόνων και καταφύγιο για τους κατοίκους του νησιού. Στα πρώτα χρόνια της κυριαρχίας τους χρονολογείται η ενίσχυση με πολεμίστρες του οχυρωτικού τοίχου που περιβάλλει την κορυφή του φυσικού βράχου του Κάστρου.

Την περίοδο της Ενετοκρατίας (1207-1269 και 1296-1537) ο οικισμός επεκτείνεται και στη νότια πλευρά. Πιθανότατα τότε διαμορφώνονται οι εσωτερικές πλακόστρωτες πλατείες που διατηρούν ακόμη το λατινογενές όνομα Λόζα (Loggia), καθώς και η κεντρική λιθόστρωτη οδός, γνωστή ως Μέση, Πλατύστενο ή Καντιρίμι, από όπου ξεκινούν όλα τα μικρότερα δρομάκια του οικισμού, που καταλήγουν στον οχυρωμένο βράχο. Ορισμένα, μάλιστα, από αυτά είναι στεγασμένα, και στην τοπική διάλεκτο αποκαλούνται εμπροστιάδες.

Την ίδια περίοδο ανοικοδομούνται ή ανακαινίζονται πολυάριθμοι ναοί, τρουλλαίοι ή καμαροσκέπαστοι. Συχνά, στην κατασκευή του ναού χρησιμοποιούνται δομικά στοιχεία αρχαίων ναών, ενώ τη Η Χώρα έχει περίπου 30 ναούς, από τους οποίους οι περισσότεροι είναι ιδιόκτητοι. Η παλαιότερη είναι, ίσως, η Παναγία Ελεούσα (Κυρά-Λεούσα), Μητρόπολη του οικισμού κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας. Ο Φωτοδότης Χριστός, βυζαντινή εκκλησία και μετόχι της Χοζοβιώτισσας περιβάλλεται από συγκρότημα κελιών και αποθηκών, καθώς και καλλιεργήσιμη έκταση. Πανηγυρίζει κάθε χρόνο, την 6η Αυγούστου, ημέρα της εορτής του Χριστού. Η παλαιότερη επιγραφή ανακαινίσεως ναού στη Χώρα, με χρονολογία 1683, εντοπίζεται στον Ναό της Ζωοδόχου Πηγής. Ακολουθεί ο Ναός των Αγίων Αποστόλων, με επιγραφή ανακαίνισης το 1689. Ο Ναός των Αγίων Πάντων, του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, της Αγίας Θεοδοσίας, του Αγίου Θαλελαίου, του Αγίου Θωμά, του Αγίου Βασιλείου, της Παναγίας της Βλησανής, του Αγίου Φανουρίου, ο δισυπόστατος Ναός της Μεταμόρφωσης-Αγίου Στεφάνου, είναι μερικοί από τους ναούς που συμπληρώνουν τη φυσιογνωμία της Χώρας.
Στην εποχή της Τουρκοκρατίας που ακολουθεί (1537-1824), ο οικισμός επεκτείνεται εκ νέου, αυτή την φορά προς νοτιοανατολικά, στις υπώρειες του λόφου Τρούλλος, όπου σήμερα δεσπόζει η συστάδα των ανεμόμυλων. Αυτή την περίοδο οριστικοποιούνται οι τύποι της Αμοργιανής παραδοσιακής οικίας: α) το στενομέτωπο μονόχωρο ισόγειο μονόσπιτο, κυρίως στα Βορεινά, με την είσοδο στη στενή πλευρά, που αποτελείται από έναν ενιαίο, εξαιρετικά επιμήκη και στενό, ισόγειο χώρο, και β) το στενομέτωπο μονόχωρο ισόγειο μονόσπιτο με δοξάρι για όσες περιπτώσεις κατοικιών οι ξύλινες δοκοί δεν επαρκούν να γεφυρώσουν τους δύο πλευρικούς τοίχους, και κτίζεται ένα λίθινο τόξο, το δοξάρι, το οποίο επιτρέπει μεγαλύτερο φάρδος και ύψος στο οικοδόμημα.

Με φόντο τους Ενετοτουρκικούς πολέμους και την εξασθένηση των Οθωμανών, ήδη από το 1645 παρατηρείται άνοδος του βιοτικού επιπέδου των Κυκλαδιτών. Η διαφοροποίηση των αρχιτεκτονικών παραδόσεων διευκολύνεται από υψηλά εξειδικευμένους τεχνίτες, που έρχονται στο νησί με στόχο να μονοπωλήσουν την οικοδομική δραστηριότητα. Τώρα αρχίζει η ανοικοδόμηση των αρχοντικών. Ο νέος τύπος ενσωμάτωσε μορφολογικά στοιχεία της Ιταλικής Αναγέννησης και, αργότερα, του Νεοκλασικισμού. Πρόκειται για διώροφα, συνήθως, κτήρια, με τον χώρο κατοικίας στον άνω όροφο και τους βοηθητικούς χώρους στο ισόγειο. Οι μικρότερες κατοικίες, αντιγράφουν τα αρχοντικά, οδηγώντας ακολούθως στο μονόσπιτο με σάλα, κατοικία η οποία διατήρησε τις παραδοσιακές αρχές του μονόσπιτου ως προς το εξωτερικό, όμως διαφοροποίησε τον εσωτερικό χώρο, μέσω της προσθήκης ορόφου.